สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาแห่งชาติ ได้ดำเนินงานโครงการนี้ในช่วง เดือนตุลาคม 2543-เมษายน 2545 โดยคัดเลือกโรงเรียนระดับการศึกษาขั้นพื้นฐานที่สมัครเข้าร่วมในโครงการนำร่อง เพื่อเป็นหน่วยทดลองดำเนินการวิจัยและพัฒนาเพื่อปฏิรูปทั้งโรงเรียนอย่างเป็นระบบ ใช้วงจรการพัฒนาแบบ PDCA บนพื้นฐานความพร้อมของแต่ละโรงเรียน โดยเริ่มจากการพัฒนาตนเองของครูทุกคนรวมถึงการปฏิรูประบบการบริหารจัดการ เพื่อการจัดการเรียนรู้ที่ยึดผู้เรียนเป็นสำคัญ การใช้งานวิจัยในชั้นเรียน สำหรับปรับปรุงคุณภาพของผู้เรียน เพื่อการประกันคุณภาพในสถานศึกษา ในการดำเนินงานแบ่งออกเป็น 3 ระยะ ระยะแรกเป็นช่วงการพัฒนาตนเองของ ครู ผู้บริหาร และบุคลากรทั้งหมดของโรงเรียน เพื่อการจัดการเรียนการสอนที่ยึดผู้เรียนเป็นสำคัญ ระยะที่ 2 เป็นช่วงการดำเนินงานเพื่อการพัฒนาคุณภาพผู้เรียน โดยเน้นการมีส่วนร่วมจากผู้มีส่วนได้เสีย เพื่อการประกันคุณภาพภายในสถานศึกษา ระยะที่ 3 เป็นช่วงการประเมินผลตนเองเพื่อสำรวจจุดเด่นสำหรับการขยายผลให้กับโรงเรียนอื่น ๆ ในบริบทของตน เมื่อสิ้นสุดการดำเนินงานแต่ละระยะจะมีการจัดประชุมเพื่อแลกเปลี่ยนเรียนรู้ประสบการณ์การดำเนินงาน โดยมีผู้เชี่ยวชาญฝ่ายไทยเป็นผู้ส่งเสริมชี้แนะและให้กำลังใจ การส่งเสริมสนับสนุนจากโครงการ สำนักงานฯ ใช้ยุทธศาสตร์ให้โอกาส ให้วิสัยทัศน์ ให้กำลังใจ และเน้นการมีส่วนร่วมจากทุกฝ่ายในการกำหนดเป้าหมายและแผนการดำเนินงาน โดยให้การสนับสนุนเอกสารวิชาการเพื่อการพัฒนาตนเองของครูและผู้บริหารทั้งโรงเรียน สนับสนุนงบประมาณเพื่อการดำเนินงานปฏิรูปให้คล่องตัวขึ้น และจัดหาที่ปรึกษาทางวิชาการจากสถาบันครุศึกษาในแต่ละพื้นที่ ให้กับทุกโรงเรียนในโครงการ ต่อมาธนาคารพัฒนาเอเซีย (ADB) ได้ให้การสนับสนุนผู้เชี่ยวชาญโครงการทั้งฝ่ายไทยและต่างประเทศ เพื่อสนับสนุนการดำเนินงานของโรงเรียนในลักษณะการติดตาม ส่งเสริมให้กำลังใจ และสรุปข้อค้นพบจากการดำเนินการวิจัยและพัฒนาของ 250 โรง ซึ่งมีรูปแบบที่หลากหลายตามบริบทของแต่ละโรง ทั้งนี้โรงเรียนในโครงการจะได้รับงบประมาณสนับสนุนให้ดำเนินการทั้งจากไทยและ ADB รวมโรงละ 25,000 – 45,000 บาท โดยโรงเรียนขนาดเล็กจะได้รับงบประมาณสนับสนุนมากกว่าโรงเรียนใหญ่